Denario 值得用，但它留下来的是“整理痕迹”，不是“判断结果”。判断标准可以落到操作上：凡是能在页面里看到操作路径、导出后还能回指原文或原始记录的动作，可以交给工具留痕；凡是需要回答“这条证据够不够支撑这个假设”的动作，通常仍要研究者自己拍板。所以入口不是先去点哪个按钮，而是先写下一条能被推翻的假设，再让 Denario 把文献和实验记录挂上去。

把 Denario 当成证据链的编排层更稳妥：摘要、归类、措辞润色可以留痕，机制解释、统计判断、伦理结论仍要人工署名。建议先用一条真实假设跑通“假设—文献—实验记录”三列，导出前逐个核对引用键、原文位置、实验编号与结论强度，再把整理结果拆成待补文献、待跑实验、待写段落三类清单。工具输出是草稿，最终判断落在人这一侧。

从一条研究假设倒推需要保留的材料

入口不是工具按钮，而是一条假设和它背后的证据链。先写下假设，再倒推要保留什么：

• 假设：一句话写清变量关系、方向和成立条件，同时写明“什么结果会推翻它”。没有可推翻条件的假设，后面无法判断文献是支持还是反驳。
• 相关文献：只留与这条假设直接相关的条目，不必把所有读过的文献都堆进来。每条注明支持、反驳还是背景。
• 实验记录：原始数据文件、处理步骤、参数、失败批次，建议保留可对应的编号。
• 待验证问题：当前回答不了、需要下一轮实验或补充文献才能确定的点，单独列出来。

这四类材料要放在同一条线上，建议固定成三列结构，用假设编号当主线，而不是按时间顺序记流水账：

假设 ID：H-014  低氧处理下酶活下降先于转录变化
文献列（支持/反驳）      | 实验列（编号+观察）       | 待验证
author2019hypoxia 支持   | EXP-073 酶活 6h 起下降    | 转录是否 12h 后才变
author2021transcript 反驳 | EXP-081 失败，RNA 降解    | 换提取方案后重测

这样排，是为了让每一条文献和每一个实验编号都能回指同一个假设 ID，后续写作时段落、图注、方法描述的对应关系才不容易散掉。

在 Denario 里把文献笔记挂到假设下面

文献卡片和假设分散在不同页面时，最常见的后果是写作阶段找不到“哪篇支持哪句”。建议在 Denario 里按主题和年份分组，并强制标注结论方向。

• 按主题分组：同一主题下的文献才放在同一个假设下面，跨主题的条目单独建组。
• 按年份排序：便于看出结论是否随方法更新而变化，也能暴露只有单一时期证据的假设。
• 按结论标注：每条明确写支持、反驳或无关，只在批注里写“可能相关”会失去筛选价值。

文献笔记建议保留固定字段，方便导出后核对：

引用键：author2019hypoxia
原文位置：图 3B；结果第 2 段
结论方向：支持 H-014
我的批注：样本是细胞系，与本研究组织类型不同

“结论方向”和“我的批注”要分开写：前者用于筛选，后者才是你自己的判断，导出时两者不能混在一起。

标记哪些步骤可由工具整理、哪些必须人工判断

整理结果看起来完整，并不等于它是结论。使用边界可以按步骤类型划分：

中间三行最容易出问题：工具生成的解释性句子读起来很顺，容易被直接搬进正文。建议在文档里用不同标记区分“整理内容”和“我的判断”，导出前至少要能一眼看出哪些句子是自己写的。

导出前检查引用与原始记录是否能对上

导出不是终点，而是核对点。整理链条越长，引用错位和结论强度被放大的概率越高。建议按下面顺序逐项确认：

1. 引用键：每个引用键是否在文献列表里存在，有没有重复键或同一篇的不同写法。
2. 原文位置：摘要里的句子能否回到具体页码、图表或段落，而不是只回到整篇文献。
3. 实验编号：文中提到的每个实验编号，能否对应到原始数据文件和参数记录。
4. 结论强度：原文写“提示”“可能”“在特定条件下”，导出后是否被改成“表明”“证明”，这一步通常要人工逐句过。

如果某条断言只能追到工具生成的摘要、追不到原文或原始记录，比较稳妥的处理是把它降级为待验证问题，而不是留在正文里。

把整理结果写成下一轮实验或写作清单

整理完的材料如果不转成任务，下周还要重新读一遍。建议把 Denario 的输出拆成三类清单，动作词要具体到能直接执行：

待补文献：
  - H-014 缺少组织类型一致的证据，需补近三年同类研究
待跑实验：
  - EXP-081 因 RNA 降解失败，换提取方案后重测转录时间点
待写段落：
  - 结果段先写酶活下降，转录部分待 EXP-082 完成后补

写完清单后回到假设那一列，确认它是否被新证据支持或动摇。如果假设本身要改，前面的文献分组和实验编号也需要同步调整，否则下一次导出还会沿用旧的对应关系。