能不能从假设一路跟到论文草稿，取决于你把多少信息从会话里搬进了可复查的文件。Denario 这类流水线通常按「材料 → 文献 → 想法/假设 → 方法/分析 → 结果 → 论文草稿」切开，每一步都是把上一步的上下文重新打包一次。打包就有压缩，压缩就会丢出处。所以真正该问的不是它支不支持写草稿，而是哪几个交接点必须由你手动把原始信息贴回去。可以先跑一次最小任务，把它生成的中间文件按目录和文件名列出来，再对照下面五个动作逐项检查。

判断：Denario 能把假设到草稿的链路跑通，但它承接的是结构化中间产物，不是你的记忆。适用场景是把研究问题、文献笔记、实验条件都落成带编号和引用键的文件；操作上每次交接前先检查输出里是否还有出处和条件字段；验证方式是用假设分支逐段对照草稿，再把草稿的每条主张退回材料层核对；风险边界是局部整理被当成全自动成稿，引用和实验条件在压缩环节悄悄丢失。

把研究问题拆成可追踪的假设分支

让后续每一步都有可对照的起点，靠的不是把问题写得更长，而是把它拆成带编号的假设。建议在启动流程前手写一份假设文件，每条至少包含假设编号、变量、预期方向、关联文献四项。关联文献写引用键，不要写作者姓名或标题缩写，因为只有引用键能在后面和 bib 条目、笔记文件对上。

H1:
  id: H1
  statement: 提高 X 会降低 Y
  variables:
    independent: X
    dependent: Y
    control: [温度, 批次]
  expected_direction: Y 随 X 上升而下降
  literature_keys: [smith2021x, dole2022y]
  falsify_if: X 上升后 Y 无变化或上升

这份文件是整条链路的锚。工具如果只拿到一句自然语言问题，后面的方法、结果、草稿可能各自改口径；把 H1 这样的编号和字段喂进去，你才能在每一步输出里检查有没有对应上。

检查文献笔记进入写作环节时是否保留出处

引用最容易断的地方，是从「笔记汇总」到「成段写作」这一段。工具需要把多条笔记改写成通顺段落，改写过程里作者、年份、页码经常被省掉，只留下观点。建议笔记写成结构化字段，把引用键、原文片段、页码或段落位置固定下来。

- key: smith2021x
  quote: 在 25 摄氏度条件下，处理组的响应低于对照组
  location: p.7 第 2 段
  note: 支持 H1 的预期方向
  use_in: [H1, 方法部分]

草稿生成后，做一次引用键回查：先列出草稿里实际出现的引用键，再和笔记文件里的 key 做差集。下面的命令只是骨架，字段格式要按你自己的笔记调整。

grep -o '\[[a-z]*[0-9][0-9][0-9][0-9][a-z]*\]' draft.md | sort -u > used_keys.txt
grep -h 'key:' notes/*.yml | sed 's/.*key: //' | sort -u > all_keys.txt
comm -23 all_keys.txt used_keys.txt   # 笔记里有、草稿里没出现的键

差集里出现的键，要么是草稿该引没引，要么是笔记根本没被用上。两种情况都值得在动笔前处理掉，等成稿再补会牵动整段论证。

在长流程中标注需要人工回填的上下文

长流程里最容易被概括掉的是实验条件，因为模型倾向于把可以省略的细节省略。可行的做法是维护一份上下文清单，把必须由人回填的字段单独列出，并在每一步提示里要求它原样保留。

NEED_MANUAL_FILL:
  - 实验条件: 温度、湿度、仪器型号、试剂批次
  - 样本量: 各组 n，剔除后 n
  - 统计方法: 检验类型、是否双侧、显著性水平、多重比较处理
  - 排除标准: 剔除原因与数量
  - 数据版本: 文件名、生成时间、处理脚本

提示词里可以加一条硬约束，让缺失项显式暴露而不是被猜出来：

请基于 H1 和上面的分析计划写方法段落。
要求：
1. 保留 H1 编号；
2. 样本量、统计方法、排除标准只使用我给出的数值，不得推断；
3. 缺失项写成 [MISSING: 字段名]，不要编造；
4. 末尾附 CONTEXT_USED，列出你实际用到的字段。

跑完后核对 CONTEXT_USED 和你给的清单是否一致。不一致就说明该字段在传递中被丢了，需要回到上一步重新喂入。

用中间产物判断草稿是否偏离原始假设

成稿前先做一次对照，把草稿按段落切分，逐段标上它对应哪条假设。落不到任何假设上的段落单独挑出来看，这类段落往往是论证漂移的入口。对照表可以很简单：段落编号、对应假设编号、支撑材料、状态。状态分三种——已支持（能指到材料）、待补（有主张没材料）、新增（假设里原本没有）。

# draft_sections.jsonl 每行 {id, text, claims}
# hypotheses.jsonl 每行 {id, statement, falsify_if}
# 按 claims 里出现的 H 编号归段落，没有编号的标为 unassigned

不写脚本也可以，人工切段照样可行，关键是别跳过 unassigned 那一类。标记为「新增」的结论要么补上支撑材料并回写假设，要么删掉，不要留在草稿里当作既有结论。

把草稿退回材料层做一次引用核验

最后一步不是润色，是把每条主张往回走一遍。建议按顺序核：

1. 逐条核对引用：草稿里每个引用键，在 bib 条目和笔记里都能找到，且笔记里的原文片段与页码或段落位置对得上。
2. 逐条核对数据：涉及数值的主张回到原始结果文件，确认数值、单位、组别没有在转述中变形。
3. 逐条核对图表来源：每个图表编号能对应到生成脚本和数据文件，避免图文不同源。
4. 无法回到来源的主张，先降级措辞或删除，不要保留强断言。

for k in $(cat used_keys.txt); do
  grep -q "$k" refs.bib || echo "bib 缺失: $k"
  grep -q "key: $k" notes/*.yml || echo "笔记缺失: $k"
done

这套检查跑完，只能说明草稿的主张回到了你提供的材料，并不说明结论本身成立。Denario 承接的是流程和整理，判断和取舍仍然要由你签字。